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commit b62d337
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| Original file line number | Diff line number | Diff line change |
|---|---|---|
| @@ -1,4 +1,4 @@ | ||
| # pymol-book | ||
|
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||
| PyMOLの機能をまとめた本です。 | ||
| (c) 2024 YoshitakaMo All Rights Reserved. CC BY-NC 4.0 | ||
| (c) 2025 YoshitakaMo All Rights Reserved. CC BY-NC 4.0 |
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| Original file line number | Diff line number | Diff line change |
|---|---|---|
| @@ -1,74 +1,74 @@ | ||
| # Index | ||
| # Summary | ||
|
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| [TOP](./index.md) | ||
| [TOP](index.md) | ||
|
|
||
| - [第1章 PyMOL チュートリアル: アルカリホスファターゼの構造を見る](./ch01/index.md) | ||
| - [目的](./ch01/objective.md) | ||
| - [Protein Data Bank (PDB)にアクセスする](./ch01/accesspdb.md) | ||
| - [PDB データのダウンロード](./ch01/download.md) | ||
| - [PyMOL の起動](./ch01/launchpymol.md) | ||
| - [大腸菌由来アルカリホスファターゼのグラフィック表示](./ch01/displaypdb.md) | ||
| - [チェインごとの色分け](./ch01/colorbychain.md) | ||
| - [二次構造ごとの色分け](./ch01/colorbyss.md) | ||
| - [画像の保存](./ch01/saveimage.md) | ||
| - [セッションファイルへの保存](./ch01/savesessionfile.md) | ||
| - [リガンド結合部位への注目](./ch01/focusbindingsite.md) | ||
| - [ヒトアルカリホスファターゼとの構造比較](./ch01/humanalp.md) | ||
| - [タンパク質の疎水性・親水性残基の分布を確認する](./ch01/hydrophobicity.md) | ||
| - [タンパク質の位置依存的なアミノ酸保存度の違いを理解する](./ch01/conservation.md) | ||
| - [アルカリホスファターゼの加水分解酵素としての働き](./ch01/qmmm.md) | ||
| - [第2章 Internal GUI の使い方](./ch02/index.md) | ||
| - [分子構造のロード](./ch02/loadmol.md) | ||
| - [構造ファイルのロード](./ch02/load_file.md) | ||
| - [サポートしている構造ファイル形式](./ch02/load_supformat.md) | ||
| - [Biological Unitを考慮した分子構造のロード](./ch02/load_biol_unit.md) | ||
| - [配列の表示](./ch02/dispseq.md) | ||
| - [オブジェクトパネル](./ch02/objpanel.md) | ||
| - [分子構造の表示形式のON/OFF (Show and Hide)](./ch02/showandhide.md) | ||
| - [ラベルの設定(Label)](./ch02/label.md) | ||
| - [色の設定(Color)](./ch02/color.md) | ||
| - [マウス操作](./ch02/mouse.md) | ||
| - [操作モード](./ch02/buttonmode.md) | ||
| - [各モードにおける操作一覧](./ch02/buttontable.md) | ||
| - [操作の詳細](./ch02/buttonaction.md) | ||
| - [セッションの保存](./ch02/session.md) | ||
| - [構造ファイルのエクスポート](./ch02/export.md) | ||
| - [画像の保存](./ch02/saveimage.md) | ||
| - [第3章 External GUIの使い方](./ch03/index.md) | ||
| - [File](./ch03/file.md) | ||
| - [Edit](./ch03/edit.md) | ||
| - [Build](./ch03/build.md) | ||
| - [Movie](./ch03/movie.md) | ||
| - [Display](./ch03/display.md) | ||
| - [Setting](./ch03/setting.md) | ||
| - [Scene](./ch03/scene.md) | ||
| - [Mouse](./ch03/mouse.md) | ||
| - [Wizard](./ch03/wizard.md) | ||
| - [Plugin](./ch03/plugin.md) | ||
| - [help](./ch03/help.md) | ||
| - [第4章 コマンドラインの使い方](./ch04/index.md) | ||
| - [分子構造のロード](./ch04/cmd_load.md) | ||
| - [保存](./ch04/cmd_save.md) | ||
| - [分子構造の表示形式のON/OFF](./ch04/cmd_showandhide.md) | ||
| - [オブジェクトの重ね合わせ](./ch04/cmd_super.md) | ||
| - [第5章 PyMOL の様々な機能](./ch05/index.md) | ||
| - [結晶構造の電子密度マップを表示する](./ch05/xtal_elecmap.md) | ||
| - [APBSプラグインを使った表面電荷表示](./ch05/apbs.md) | ||
| - [動画の作成方法](./ch05/movieschool.md) | ||
| - [表示形式のプリセット](./ch05/preset.md) | ||
| - [Gaussian 16のcubeファイルを開いて分子軌道を表示する](./ch05/gaussian.md) | ||
| - [PyMOL上でのpythonスクリプトの実行](./ch05/python_on_pymol.md) | ||
| - [Pythonからpymolモジュールをimportして使う](./ch05/importpymol.md) | ||
| - [第6章 プラグインを使う](./ch06/index.md) | ||
| - [プラグインのインストール方法](./ch06/installation.md) | ||
| - [DSSPプラグイン](./ch06/dssp.md) | ||
| - [PyVOL GUIプラグイン](./ch06/pyvol.md) | ||
| - [pLDDTカラーリングプラグイン](./ch06/plddt.md) | ||
| - [第7章 設定値](./ch07/index.md) | ||
| - [概論](./ch07/general.md) | ||
| - [sphere描画関連](./ch07/sphere.md) | ||
| - [cartoon描画関連](./ch07/cartoon.md) | ||
| - [Appendix](./append01/index.md) | ||
| - [インストール方法](./append01/installation.md) | ||
| - [用語](./append01/term.md) | ||
| - [選択範囲の文法と演算子](./append01/selealgebra.md) | ||
| - [第1章 PyMOL チュートリアル: アルカリホスファターゼの構造を見る](ch01/index.md) | ||
| - [目的](ch01/objective.md) | ||
| - [Protein Data Bank (PDB)にアクセスする](ch01/accesspdb.md) | ||
| - [PDB データのダウンロード](ch01/download.md) | ||
| - [PyMOL の起動](ch01/launchpymol.md) | ||
| - [大腸菌由来アルカリホスファターゼのグラフィック表示](ch01/displaypdb.md) | ||
| - [チェインごとの色分け](ch01/colorbychain.md) | ||
| - [二次構造ごとの色分け](ch01/colorbyss.md) | ||
| - [画像の保存](ch01/saveimage.md) | ||
| - [セッションファイルへの保存](ch01/savesessionfile.md) | ||
| - [リガンド結合部位への注目](ch01/focusbindingsite.md) | ||
| - [ヒトアルカリホスファターゼとの構造比較](ch01/humanalp.md) | ||
| - [タンパク質の疎水性・親水性残基の分布を確認する](ch01/hydrophobicity.md) | ||
| - [タンパク質の位置依存的なアミノ酸保存度の違いを理解する](ch01/conservation.md) | ||
| - [アルカリホスファターゼの加水分解酵素としての働き](ch01/qmmm.md) | ||
| - [第2章 Internal GUI の使い方](ch02/index.md) | ||
| - [分子構造のロード](ch02/loadmol.md) | ||
| - [構造ファイルのロード](ch02/load_file.md) | ||
| - [サポートしている構造ファイル形式](ch02/load_supformat.md) | ||
| - [Biological Unitを考慮した分子構造のロード](ch02/load_biol_unit.md) | ||
| - [配列の表示](ch02/dispseq.md) | ||
| - [オブジェクトパネル](ch02/objpanel.md) | ||
| - [分子構造の表示形式のON/OFF (Show and Hide)](ch02/showandhide.md) | ||
| - [ラベルの設定(Label)](ch02/label.md) | ||
| - [色の設定(Color)](ch02/color.md) | ||
| - [マウス操作](ch02/mouse.md) | ||
| - [操作モード](ch02/buttonmode.md) | ||
| - [各モードにおける操作一覧](ch02/buttontable.md) | ||
| - [操作の詳細](ch02/buttonaction.md) | ||
| - [セッションの保存](ch02/session.md) | ||
| - [構造ファイルのエクスポート](ch02/export.md) | ||
| - [画像の保存](ch02/saveimage.md) | ||
| - [第3章 External GUIの使い方](ch03/index.md) | ||
| - [File](ch03/file.md) | ||
| - [Edit](ch03/edit.md) | ||
| - [Build](ch03/build.md) | ||
| - [Movie](ch03/movie.md) | ||
| - [Display](ch03/display.md) | ||
| - [Setting](ch03/setting.md) | ||
| - [Scene](ch03/scene.md) | ||
| - [Mouse](ch03/mouse.md) | ||
| - [Wizard](ch03/wizard.md) | ||
| - [Plugin](ch03/plugin.md) | ||
| - [help](ch03/help.md) | ||
| - [第4章 コマンドラインの使い方](ch04/index.md) | ||
| - [分子構造のロード](ch04/cmd_load.md) | ||
| - [保存](ch04/cmd_save.md) | ||
| - [分子構造の表示形式のON/OFF](ch04/cmd_showandhide.md) | ||
| - [オブジェクトの重ね合わせ](ch04/cmd_super.md) | ||
| - [第5章 PyMOL の様々な機能](ch05/index.md) | ||
| - [結晶構造の電子密度マップを表示する](ch05/xtal_elecmap.md) | ||
| - [APBSプラグインを使った表面電荷表示](ch05/apbs.md) | ||
| - [動画の作成方法](ch05/movieschool.md) | ||
| - [表示形式のプリセット](ch05/preset.md) | ||
| - [Gaussian 16のcubeファイルを開いて分子軌道を表示する](ch05/gaussian.md) | ||
| - [PyMOL上でのpythonスクリプトの実行](ch05/python_on_pymol.md) | ||
| - [Pythonからpymolモジュールをimportして使う](ch05/importpymol.md) | ||
| - [第6章 プラグインを使う](ch06/index.md) | ||
| - [プラグインのインストール方法](ch06/installation.md) | ||
| - [DSSPプラグイン](ch06/dssp.md) | ||
| - [PyVOL GUIプラグイン](ch06/pyvol.md) | ||
| - [pLDDTカラーリングプラグイン](ch06/plddt.md) | ||
| - [第7章 設定値](ch07/index.md) | ||
| - [概論](ch07/general.md) | ||
| - [sphere描画関連](ch07/sphere.md) | ||
| - [cartoon描画関連](ch07/cartoon.md) | ||
| - [Appendix](append01/index.md) | ||
| - [インストール方法](append01/installation.md) | ||
| - [用語](append01/term.md) | ||
| - [選択範囲の文法と演算子](append01/selealgebra.md) |
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