add surface repr.

src/SUMMARY.md

@@ -68,6 +68,7 @@
   - [概論](ch07/general.md)
   - [sphere描画関連](ch07/sphere.md)
   - [cartoon描画関連](ch07/cartoon.md)
+  - [surface描画関連](ch07/surface.md)
 - [Appendix](append01/index.md)
   - [インストール方法](append01/installation.md)
   - [用語](append01/term.md)

src/ch07/index.md

@@ -5,3 +5,4 @@
 {{#include general.md}}
 {{#include sphere.md}}
 {{#include cartoon.md}}
+{{#include surface.md}}

src/ch07/surface.md

@@ -0,0 +1,152 @@
+## surface描画関連
+
+### surface_best
+
+> **surface_best** (float, default: 0.25) is a tuning parameter that should not need to be modified.
+
+一応設定値として存在していますが、通常は変更する必要はありません。
+
+### surface_carve_selection
+
+> (string, default: blank) is the named selection of atoms about which the surface is carved.
+
+`surface_carve_selection`と`surface_carve_cutoff`の設定により、分子表面の描画を原子選択の近傍に制限することができます。原子のサブセットに対してのみsurface表現を表示する場合とは異なり、描画は原子レベルではなく頂点（surface point）レベルで制御されます。
+
+`surface_carve_selection`の値は（`select`で作成した）named selectionオブジェクトでなければなりません。つまり、`chain A`のような選択式は使うことができません。
+
+以下に、`surface_carve_selection`を使ってsurfaceを描画したときと、使わずに`show surface`で描画したときの違いを示します。
+
+`surface_carve_selection`でリガンド周辺の5 Å以内の原子を選択し、`surface_carve_cutoff`を5.0に設定してsurfaceを描画したとき。こちらは頂点 (surface point) レベルで描画が制御されます。
+
+```shell
+# PDB ID: 8z7zのロード
+fetch 8z7z, async=0
+# リガンド分子(VIB)をcarveseleオブジェクトとして選択
+select carvesele, organic
+# リガンド周辺の5 Å以内の原子をsurface_carve_selectionで選択
+set surface_carve_selection, carvesele
+set surface_carve_cutoff, 5
+# surfaceを描画
+show surface
+# 見た目の調整
+# mesh表示
+set surface_type, 2
+set surface_color, white
+bg_color white
+ray
+```
+
+<img src="image/surface/surface_carve_sele1.png" alt="surface_carve_selection1" width="600"/>
+
+使用しない場合。こちらは原子レベルで描画が制御されます。
+
+```shell
+# PDB ID: 8z7zのロード
+fetch 8z7z, async=0
+# リガンド分子(VIB)をcarveseleオブジェクトとして選択
+select carvesele, organic
+show surface, all within 5 of carvesele
+# mesh表示
+set surface_type, 2
+set surface_color, white
+bg_color white
+ray
+```
+
+<img src="image/surface/surface_carve_sele2.png" alt="surface_carve_selection2" width="600"/>
+
+`surface_carve_selection`を使うほうが、5Å近傍の表面をより正確に表現できている感じがします（ちょっとこの例だとわかりにくいかもしれませんが……）。
+
+### surface_carve_cutoff
+
+> **surface_carve_cutoff** (float, default: 0.0) controls the cutoff distance from `surface_carve_selection` atoms which surface points must meet to be included in the carved surface.
+
+`surface_carve_selection`で選択された原子からの距離がこの値よりも大きい場合、その点は刻んで彫り取った表面に含まれません。
+
+### surface_carve_normal_cutoff
+
+> (float, default: -1.0) controls the dot product threshold from `surface_carve_selection` atoms which surface points must meet to be included in the carved surface.
+
+carveされた表面の法線ベクトルと`surface_carve_selection`で選択された原子との間の角度がこの値よりも小さい場合、その点は彫り取った表面に含まれません。
+
+### surface_carve_state
+
+> (integer, default: 0) is the controlling state for surface carving. By default, the corresponding coordinate set state is used.
+
+### surface_cavity_mode
+
+`surface_cavity_mode`はPyMOLのcavity描画方法を変更します。通常`0`または`1`です。デフォルトは`0`で、全体のcavityを描画します。`1`に設定すると、反転したcavityを描画します。タンパク質のリガンドが入るような空隙を描画する際に便利です。
+
+```shell
+set surface_cavity_mode, 1
+```
+
+以下の図ではわかりやすさのため`surface_color`を`cyan`に設定しています。
+
+|surface_cavity_mode=0|surface_cavity_mode=1|
+|---|---|
+|![cavity_0](./image/surface/surface_cavity_0.png)|![cavity_0](./image/surface/surface_cavity_1.png)|
+
+### surface_cavity_cutoff
+
+> (float, default: 0.0) controls the cutoff distance from `surface_carve_selection` atoms which surface points must meet to be included in the carved surface.
+
+`surface_cavity_cutoff`は`surface_carve_selection`で選択された原子からの距離がこの値よりも大きい場合、その点は刻んで彫り取った表面に含まれません。
+
+### surface_cavity_radius
+
+surface表示をしたときのcavityの半径を設定します。デフォルトは`7.0`です。`surface_cavity_mode`が`1`のときに有効のようです。
+
+|surface_cavity_radius=3.0|surface_cavity_radius=7.0|
+|---|---|
+|![cavity_rad3](./image/surface/surface_cavity_rad_3.png)|![cavity_rad7](./image/surface/surface_cavity_1.png)|
+
+### surface_circumscribe
+
+### surface_clear_cutoff
+
+### surface_clear_selection
+
+### surface_clear_state
+
+### surface_color
+
+### surface_color_smoothing
+
+### surface_color_smoothing_threshold
+
+### surface_debug
+
+### surface_miserable
+
+### surface_mode
+
+### surface_negative_color
+
+### surface_negative_visible
+
+### surface_normal
+
+### surface_optimize_subsets
+
+### surface_poor
+
+### surface_proximity
+
+### surface_quality
+
+### surface_ramp_above_mode
+
+### surface_residue_cutoff
+
+### surface_smooth_edges
+
+### surface_solvent
+
+### surface_trim_cutoff
+
+### surface_trim_factor
+
+### surface_type
+
+### surface_use_shader