add chapter 7

.vscode/settings.json

@@ -0,0 +1,3 @@
+{
+    "workbench.colorTheme": "Default Light Modern"
+}

src/SUMMARY.md

@@ -64,6 +64,8 @@
   - [DSSPプラグイン](./ch06/dssp.md)
   - [PyVOL GUIプラグイン](./ch06/pyvol.md)
   - [pLDDTカラーリングプラグイン](./ch06/plddt.md)
+- [第7章 設定値](./ch07/index.md)
+  - [描画関連](./ch07/rendering.md)
 - [Appendix](./append01/index.md)
   - [インストール方法](./append01/installation.md)
   - [用語](./append01/term.md)

src/ch07/cartoon.md

@@ -0,0 +1,79 @@
+
+### cartoonの描画
+
+#### cartoon_cylindrical_helices
+
+`cartoon_cylindrical_helices`は、ヘリックスの描画を円筒状にするかどうかを設定する設定値です。デフォルト値は`0`ですが、これを`1`にすることで、ヘリックスの描画を円筒状にすることができます。
+
+```bash
+set cartoon_cylindrical_helices, 1
+```
+
+|cartoon_cylindrical_helices=0|cartoon_cylindrical_helices=1|
+|---|---|
+|![cylindrical_0](./image/cylindrical_0.png)|![cylindrical_1](./image/cylindrical_1.png)|
+
+#### cartoon_debug
+
+`cartoon_debug`は、cartoon表示のデバッグ用オプションであり、ユーザー側は利用することはないと思います。デフォルト値は`0`ですが、これを`1`にすることで、Cartoon表示のレンダリング判定が現れるようになります。
+
+```bash
+set cartoon_debug, 1
+```
+
+|cartoon_debug=0|cartoon_debug=1|
+|---|---|
+|![debug_0](./image/cartoondebug_0.png)|![debug_1](./image/cartoondebug_1.png)|
+
+#### cartoon_discrete_colors
+
+`cartoon_discrete_colors`は、カートゥーンの色が隣接する色と混ざらないようにするか、それとも互いに混ざり合うかを切り替える設定値です。デフォルト値は`0`ですが、これを`1`にすることで、カートゥーンの色が隣接する色と混ざらないようになります。Cartoon表示を行っている時に隣り合う残基の色を変えていると違いがわかります。
+
+```bash
+set cartoon_discrete_colors, 0 # default, 隣ある色が混ざり合う
+set cartoon_discrete_colors, 1 # 隣ある色との混ざり合いが発生しない
+```
+
+|cartoon_discrete_colors=0|cartoon_discrete_colors=1|
+|---|---|
+|![discrete_0](./image/cartoondiscrete_0.png)|![discrete_1](./image/cartoondiscrete_1.png)|
+
+#### cartoon_fancy_helices
+
+`cartoon_fancy_helices`は、ヘリックスの描画をよりファンシーにするかどうかの設定値です。
+Cartoonの表示はdefault, cylindrical, fancyの3種類があります。
+fancy helicesモードは、ヘリックスの描画をよりファンシーにすることができます。
+
+```bash
+set cartoon_fancy_helices, 1
+```
+
+|cartoon_fancy_helices=0|cartoon_fancy_helices=1|
+|---|---|
+|![fancy_0](./image/fancy_0.png)|![fancy_1](./image/fancy_1.png)|
+
+#### cartoon_dumbbell_length
+
+`cartoon_dumbbell_length`は`cartoon_fancy_helices`がONになっているときのみ効果を発揮します。cartoonのヘリックスの描画をどの程度の長さにするかを設定する設定値です。デフォルト値は`1.6`ですが、これを変更することで、cartoonヘリックスの長さを変更することができます。
+
+```bash
+# defaultは1.6
+set cartoon_dumbbell_length, 0.7
+```
+
+|cartoon_dumbbell_length=0.7|cartoon_dumbbell_length=1.6|
+|---|---|
+|![dumbell_0.7](./image/dumbell_0.7.png)|![dumbell_1.6](./image/dumbell_1.6.png)|
+
+#### cartoon_loop_radius
+
+cartoon_loop_radiusは、ループ部分の太さを調整する設定値です。デフォルト値は0.5ですが、これを変更することで、ループ部分の太さを調整することができます。
+
+```bash
+# defaultは0.2
+set cartoon_loop_radius, 0.1
+```
+
+|0.2|0.1|
+|---|---|
+|![loop_radius_0.2](./image/loop_radius_0.2.png)|![loop_radius_0.1](./image/loop_radius_0.2.png)|

src/ch07/index.md

@@ -0,0 +1,6 @@
+# 第7章 設定値
+
+設定値を色々確認してみます。
+
+{{#include ./rendering.md}}
+{{#include ./cartoon.md}}

src/ch07/rendering.md

@@ -0,0 +1,62 @@
+## 描画関連
+
+PyMOLの設定値で一番気になるのは、きれいな生体分子の画像を生成するにはどうすればよいかというところの部分でしょう。PyMOLは、デフォルトの設定値で十分にきれいな画像を生成することができますが、設定値を変更することでさらに美しい画像を生成することができます。この章では、PyMOLの設定値を変更することで、より美しい画像を生成する方法を説明します。
+
+### 概論
+
+PyMOLの設定値を変更する方法は、大きく分けて2つあります。一つは、GUIを使って設定値を変更する方法、もう一つは、コマンドラインを使って設定値を変更する方法です。前者は、PyMOL GUIの[setting]メニューから設定値を変更する方法です。
+
+<img src="./image/setting.png" alt="setting" width="80%">
+
+こちらの[Edit All]をクリックすると、全設定値の表示とその値の変更が可能です。
+
+<img src="./image/values.png" alt="values" width="80%">
+
+これには描画関連だけでなく様々な設定値が表示されます。設定値を変更すると、その変更がすぐに反映されます。
+
+CUIでは、`set`コマンドを使って設定値を変更することができます。例えば、`set ray_trace_mode, 3`とすることで、ray_trace_modeの値を3に変更することができます。
+
+```bash
+set ray_trace_mode, 3
+```
+
+この値は、macOSやLinuxでは各自のホームディレクトリの`~/.pymolrc`に保存することで、この設定値がデフォルトになるように指定することができます。このファイルは、[File]→[Edit pymolrc]をクリックすることで編集することも可能です。
+
+<img src="./image/pymolrc.png" alt="pymolrc" width="80%">
+
+PyMOL起動後にこのファイルに書かれている値で上書きすることで、設定値を変更することを実現しています。
+
+設定値は、CUIにおいて`get`コマンドを使って確認することができます。
+
+```bash
+get sphere_scale
+```
+
+結果
+
+```bash
+PyMOL>get sphere_scale,
+ get: sphere_scale = 1.00000
+```
+
+### sphereの大きさを変更
+
+デフォルトのsphere表示は原子の体積をスケールを表現するように表現されています。一方で、原子の点をもう少し小さく表現させることも可能です。
+
+```bash
+set sphere_scale, 0.25
+```
+
+このコマンドを実行することで、sphereの大きさを0.25倍に変更することができます。
+
+<video width="100%" height="100%" controls autoplay loop>
+<source src="./image/movie1.mp4" type="video/mp4">
+</video>
+
+実際には水素原子をやや小さめに描画する方がもっともらしくなるので、私は以下のような設定値を使っています。
+
+```bash
+set sphere_scale, 0.22
+set sphere_scale, 0.22, elem C+N+O+S+Cl+F+Na+Mg
+set sphere_scale, 0.13, elem H
+```